1878年に函館に日本宣教の第一歩をしるた3年後の1881年（明治14年）6月16日にSrカンディードゥ、Srカロリヌ、Srマリー・アスパズィーが東京・神田猿楽町、神田教会の隣に最初の支部を創設しました。その数年後には日本管区の本部も東京に移されました。　

診療所「博愛医院」と学校「仏英和女学校」が併設されて日本の首都における宣教が始まったのでした。また最初の創設時に学校に付設して設置された孤児院は、1912年（明治45年）に東京麻布に移転されたのでした。ここに新潟で設立（1885年）されていた孤児院が大火によって全焼したために子どもたちが転入していました。以来、ここで児童養護が続けられており昭和5年には横浜子安に移転したのですが、第二2次世界大戦中に戦災にさらされることが多くなって閉鎖されました。 学校は大正12年の関東第震災によって全焼したため、3年後の大正15年に現在の千代田区九段に移転を決め、昭和2年に修道院、博愛医院、学校が全面移転をしました。博愛医院は昭和年に廃止されました。

現在は幼稚園から高等学校まで約2000名の生徒を擁する学校として、教育事業に奉仕しています。学校と隣接した修道院では卒業生や保護者のための聖書などの講座が月毎や隔週などに設けられ宣教しており、幼稚園や学校の入学や卒業記念のミサや卒業生の追悼ミサなどが聖堂で捧げられて祈りの時がもたれています。